Shopifyの商品一覧(コレクション)ページで、在庫が0になった商品を非表示にしたいときは、やはり素直に自動コレクションで条件設定するのが良いですね。手動コレクションを使ってコードカスタマイズで対応しようとするとどうしても無理が生じてしまいます。