Shopifyでセット商品と単体商品を併売する際は在庫を連動したくなります。あらかじめ単品用・セット販売用それぞれの数量を確保しておく方法が安全かつ確実ではありますが、こちらのアプリを使って自動で在庫連動させるのも手です。
https://apps.shopify.com/connected-inventory?locale=ja
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