Shopifyで特定商品の決済手段を制限したい場合、PLUSプランを契約してScript Editorを使う必要があります。なのでネコポス対象商品を代引き不可にしたい場合など、商品詳細に注記しつつ確認メールを入れて頂くなど、運用でカバーする方法を取って頂く事があります。
#Shopify
https://community.shopify.com/c/shopify-flow-app/restrict-paymant-methods-for-specific-products/td-p/1790769