そうなんです。
今回のHorizonアップデートはメジャーナンバーも上がっており、変更箇所の影響範囲が広いため、その点は特に注意が必要そうです（独自作成したセクションやカスタムLiquidで参照していたカラースキームが参照エラーを起こします）。

Horizonのメジャーアップデートに伴う破壊的変更は非常に悩ましいところです。ただ、ShopifyがAIに全振りしている状況を踏まえると、新機能がリリースされるたびにその恩恵を最速で受けられるのは最新のHorizon、という前提に立つと、結局アップデートし続けるしかないのかな、というのが悩ましいところですね。

なので、Horizonについてはコードレベルの修正はできる限りかけない方が良さそう、という認識になりつつあります。