弊社ですと、Githubでテーマコードを管理していますので、ブランチを切って編集するテーマを控えテーマにあげまして、そちらでプレビューして確認→編集、という作業をしています。なのでズレても最終的にはメインのテーマにマージして先祖返りや不整合を防いでいる感じですね。（控えテーマごとに改修内容が異なるので、それぞれご確認いただいています）