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Shopifyのsitemap.xmlには.atomファイルも記載されるので、Search Consoleの「クロール済み・インデックス未登録」にもリストアップされるのですが、不要なら外しておきたいところです。「コード編集」からテンプレートを新規追加してrobots.txtを編集することができるので、「Disallow: /*.atom」と追加指定することができます。