Shopifyの手数料一覧｜決済手数料・取引手数料・為替手数料をプラン別に整理

Shopifyでは月額のプラン料金とは別に、売上に応じて決済手数料などがかかります。この回では、決済・取引・為替・入金まわりの手数料と、アプリやテーマなどの追加費用を、プラン別の表で整理します。料率は2026年9月時点で、Shopify公式の料金ページとヘルプセンターで確認できた値だけを載せています。

01Shopifyでかかる手数料の全体像

最初に、Shopifyで発生する主な手数料を種類ごとに並べておきます。「どの場面で」「何に対して」かかるのかを分けて考えると、全体がつかみやすくなります。

2026年9月時点、公式料金ページ・ヘルプセンターで確認しました。各項目の出典は、この後の各章に記載しています。

プランの月額費用そのものはLESSON 03 Shopifyの料金プラン比較で整理しています。料金ページのよくある質問によると、セットアップ手数料（初期費用）はどのプランでもかかりません。

02Shopifyペイメントの決済手数料（プラン別）

Shopifyペイメントを使ってカード決済を受けると、プランごとに決まった料率の決済手数料がかかります。

料金ページの比較表に掲載されている料率は次のとおりです。

2026年9月時点、Shopify公式料金ページ（日本）の比較表で確認しました。いずれも「+ 0円」の表記で、1件あたりの固定額はありません。

整理すると、JCBは標準カード料率と同じ料率で、American Express（Amex）と海外発行のカードはそれより高い料率に設定されています。上位プランほど料率は下がりますが、BasicとPlusの差は標準カードで0.65ポイントです。

公式ヘルプの日本のShopifyペイメントのページでも、カード決済の処理手数料は契約しているプランによって変わると説明されています。

公開前に決済の動きを試したいときは、TIPSのShopifyのペイメントのテストモードでさまざまな決済をシミュレーション可能とShopifyでPaymentsを有効化しなくてもBogus Gateway を設定すればすぐにテスト決済可能が参考になります。

03外部決済を使うときの取引手数料

Shopifyペイメント以外の決済サービス（外部の決済代行会社など）で決済を受けると、決済サービス側の手数料とは別に、Shopifyに「外部サービスの取引手数料」を支払います。料率はプランによって異なります。

2026年9月時点、Shopify公式料金ページ（日本）の比較表で確認しました。

取引手数料がかからない決済

公式ヘルプの外部サービスの取引手数料のページによると、Shopifyペイメントを有効にしている場合、次の決済には取引手数料がかからないとされています。

• Shopifyペイメント、Shop Pay、Shop Pay Installments
• PayPal Express Checkout
• 現金、代金引換（COD）、銀行振込などの手動の決済方法
• POS（Point of Sale／販売時点情報管理）の注文、テスト注文、支払い済み・保留中にした下書き注文

反対に言えば、Shopifyペイメントを有効にしていても、外部の決済サービスで処理された注文には取引手数料がかかります。また同じヘルプでは、2025年5月12日以降に作成されたストアでは、ストアクレジットやギフトカードでの支払いにも取引手数料が発生するとされています。

取引手数料の計算方法

同じヘルプページでは、取引手数料は「（商品価格 − ディスカウント）＋ 税金 ＋ 送料」に、プランごとの料率を掛けて計算すると説明されています。つまり、送料や税金を含めた支払い総額が対象になります。

外部決済の注文を見分けたいときは、TIPSのShopify Payments以外の決済方法を注文タグとして付与するFlowの設定例が使えます。

04海外販売での為替（通貨換算）手数料

海外のお客様に現地通貨で販売する場合、通常の決済手数料に加えて通貨換算手数料がかかります。これは、お客様が支払った通貨が、Shopifyペイメントの入金通貨（日本のストアなら通常は円）と異なるときに発生する手数料です。

公式ヘルプ（英語版）のFees and costsのページでは、Shopifyペイメントの通貨換算手数料は、米国が1.5%、フランスが2%、それ以外のすべての地域が2%とされています。日本はこの「それ以外の地域」に含まれるため、2%という扱いです（2026年9月時点で確認）。

また、英語版ヘルプの通貨換算手数料の計算のページによると、2026年4月6日以降は、通貨換算手数料を注文の総額に直接かける計算方法に変わったとされています。

海外カード料率との違い

紛らわしいのが、前述の「海外カード料率」（Basicで3.9%）です。こちらは海外で発行されたカードで支払われたときの決済手数料で、通貨換算手数料とは別のものです。整理すると、次のように考えられます。

最後の行の組み合わせは、料金ページとヘルプの記載を組み合わせて整理したものです。海外販売の比率が高いストアでは、この部分が手数料全体を押し上げやすい点は意識しておきたいところです。

05入金とチャージバックに関わる費用

英語版ヘルプの日本のShopifyペイメントの入金のページには、入金（ペイアウト）について次のように書かれています（2026年9月時点で確認）。

• 日本のアカウントは週次または月次の入金から選び、入金日は月曜〜金曜で設定できる。毎日の入金は利用できない
• 決済から入金までの期間は「5日 ＋ 入金日までの残りの日数」
• 銀行口座への反映には、通常24〜72時間かかる
• 入金できる最低額は5円
• 日本のShopifyペイメントのチャージバック手数料は1,300円

申し立てが起きると、売上の返金とは別にチャージバック手数料がかかるため、不正注文への対策も手数料の観点で意味があります。なお、今回確認した範囲では、Shopifyペイメントの入金そのものにかかる振込手数料の記載は見つかりませんでした。

06アプリ・テーマなどの追加費用

決済まわり以外で、運営コストに入ってくるのが次のような費用です。

2026年9月時点。アプリ・テーマは外部料金のヘルプとテーマの追加・購入のヘルプ、ドメイン・POS Pro・モール型ECは公式料金ページで確認しました。

無料テーマはShopifyが開発しており、有料テーマのサポートやアップデートはテーマの開発者が行うとされています。

07手数料の計算例

料金ページの料率をもとに、1万円の注文（送料・税込の総額）を国内の標準カードで受けた場合を単純計算してみます。

外部決済の場合は決済サービス側の手数料が別にかかるため、その料率次第では、合計がShopifyペイメントを上回ることもあります。外部決済を選ぶときは、「決済サービスの手数料 ＋ 取引手数料」の合計で比べるのがポイントです。

消費税の扱いについて

「手数料に消費税はかかるのか」という疑問もよく見かけますが、今回確認した公式料金ページとヘルプセンターの範囲では、決済手数料やプラン料金に対する消費税の扱いは確認できませんでした。実際の請求額は管理画面の［設定］＞［請求］で確認でき、会計上の扱いは税理士などの専門家に確認するのが確実です。

08まとめ

料率は改定されることがあります。導入や見直しの際は、公式料金ページで最新の値を確認しておくと安心です。