Shopifyの商品登録の際に気をつけておきたいのがバリエーション上限数。
色やサイズなどのカテゴリは最大３種まで、そこに含まれる選択肢は３種合計で100までとなります。３種100ずつではないため、例えばサイズが5、色が20で上限に達してしまうので注意が必要です。
https://help.shopify.com/en/manual/products/variants/add-variants
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