Shopifyで独自ドメインを設定しつつXServerのメールサーバーを使ってメールを送受信する方法について、こちらが参考になります。ポイントはネームサーバーをレジストラのものからXServer側に移しておく必要がある、ということですね。
https://nldot.info/what-is-the-dns-settings-for-using-the-mail-server-for-xserver/
#Shopify