Shopifyの通知メールですが基本的にインラインのCSSで編集する必要があります。とはいえそれなりのカスタマイズを行う際はやはり外部CSSで定義したくなります。
引用ページでその方法が解説されていますが、これを参考に実装した際の具体的な手順と設定方法です。
#Shopify
https://community.shopify.com/c/shopify-discussions/editing-the-email-notifications-styles-css/td-p/460702