Shopifyの「商品を指定して直接チェックアウトに遷移できるリンク」にディスカウントコードも設定できるのですが、複数指定できないバグがあったようでして、公式サポートに問い合わせたら直して頂けました。ありがとうございます。
#Shopify
https://x.com/sh_sakamoto/status/1685124384904851456
https://shopify.dev/docs/apps/checkout/cart-permalinks/cart-permalinks#step-4-apply-discounts-optional