Shopifyのsitemap.xmlには.atomファイルも記載されるので、Search Consoleの「クロール済み・インデックス未登録」にもリストアップされるのですが、不要なら外しておきたいところです。robots.txtを編集してDisallow: /*.atomを加えておくのが良さそうです。
https://community.shopify.com/c/shopify-discussions/shoppify-creates-atom-pages-in-backened/m-p/1495863
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