Shopifyの公式回答にもあるように管理画面から編集した注文はアカウントの注文詳細に反映されません（追加はされるが削除されない）。お客様は変更内容が反映されないと心配されますので、注文タグを付けて注意メッセージを出すなどの対応をすると良いでしょう。
https://community.shopify.com/c/%E6%8A%80%E8%A1%93%E7%9A%84%E3%81%AAq-a/%E6%B3%A8%E6%96%87%E3%81%AE%E4%B8%80%E9%83%A8%E5%95%86%E5%93%81%E3%82%92%E3%82%AD%E3%83%A3%E3%83%B3%E3%82%BB%E3%83%AB%E3%81%97%E3%81%9F%E5%A0%B4%E5%90%88%E3%81%AB%E3%83%A6%E3%83%BC%E3%82%B6%E3%83%BC%E3%82%A2%E3%82%AB%E3%82%A6%E3%83%B3%E3%83%88%E7%94%BB%E9%9D%A2%E3%81%AE%E6%B3%A8%E6%96%87%E5%B1%A5%E6%AD%B4%E3%81%AB%E3%82%AD%E3%83%A3%E3%83%B3%E3%82%BB%E3%83%AB%E3%81%AE%E5%86%85%E5%AE%B9%E3%82%92%E5%8F%8D%E6%98%A0%E3%81%99%E3%82%8B/m-p/1996417/highlight/true
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