そうですね。「自動ディスカウント」は顧客条件を指定することができないため「初回のみ送料無料」を自動で行うことができません。
ですので、通常の送料無料クーポンコードのディスカウントを作成し、「お客様1人につき1回のみの使用とする」制限を付けてご利用いただく形を取っています。

その際、クーポンを見落とされないようカート画面に案内を出すなどしつつ、そのクーポンコードを一度でもお使い頂いた方にはご購入時にタグをつけることで、次回以降カート画面にその案内が表示されないようにする、などの処理を加えるなどしています。