そうなんですよね。AIもShopifyテーマの全容を理解できているわけではないのがネックです。
AI toolkitでLiquidのフォーマットチェックはしてくれますが、各テーマ特有の構造やルールから外れてしまうことがよくあります。
なので、現状は『レビューして修正指示を出す』か、『最初から明確なルールを定義してガチガチに守らせる』かの二択になりそうですね。（なので、AIによる開発が当たり前になっても正しくShopify全体の構造を理解しておくことが必須と言えますね）